Dos de las tumbas más importantes de la historia de Portugal se encuentran en el pórtico de la iglesia, a ambos lados de la entrada occidental. A la izquierda yace Vasco da Gama, el navegante cuyo viaje a la India de 1497-1499 abrió la ruta marítima de Europa a Asia y convirtió a Portugal, brevemente, en la corona más rica de Europa. Murió en Cochín en 1524; sus restos fueron repatriados a Portugal por etapas y finalmente depositados en los Jerónimos en 1898, con motivo del 400.º aniversario del viaje. A la derecha, en una tumba gemela instalada al mismo tiempo, yace Luís Vaz de Camões —el poeta de Os Lusíadas (1572), la epopeya nacional que convirtió el viaje de Vasco da Gama en una narración homérica—. Camões nunca navegó a la India con documentación probada, aunque pasó años en Macao y África Oriental y perdió un ojo luchando en Marruecos.
Más allá de las tumbas del pórtico, la iglesia alberga las tumbas reales de la dinastía Avis-Beja en el presbiterio y los cruceros: Manuel I (el fundador), su esposa María de Aragón, Sebastián I y el rey-cardenal Enrique. La tumba de Manuel I se encuentra en un nicho de granito a la derecha del altar mayor. La línea Avis-Beja terminó con la muerte del rey-cardenal Enrique en 1580, tras lo cual Portugal entró en una unión personal de 60 años con la España de los Habsburgo, un período durante el cual los Jerónimos continuaron funcionando como monasterio activo.
Fernando Pessoa — el poeta portugués del siglo XX más traducido internacionalmente — fue reinhumado en el claustro inferior del Mosteiro dos Jerónimos en 1985, cincuenta años después de su muerte, en reconocimiento a su condición de gigante literario modernista del país. Su tumba, diseñada por el escultor Lagoa Henriques, se encuentra en el ala norte del claustro inferior y es uno de los lugares más visitados del conjunto. Los sepulcros reales de Manuel I y la dinastía Avis-Beja en el presbiterio de la iglesia son visibles desde la nave central, pero no se puede acceder a ellos de cerca; los visitantes se detienen en la reja del presbiterio. Las tumbas de Vasco da Gama y Camões en el pórtico de la iglesia son las únicas junto a las que se puede estar directamente. La reinstalación decimonónica de estos dos sepulcros bajo dosificados doseletes neomanuelinos fue un gesto deliberado de mitificación nacional por parte del Estado de la monarquía tardía.