Due delle tombe più importanti della storia portoghese si trovano nel portico della chiesa, ai lati dell'ingresso occidentale. A sinistra giace Vasco da Gama, il navigatore il cui viaggio del 1497–99 in India aprì la rotta marittima europea verso l'Asia e rese il Portogallo, brevemente, la corona più ricca d'Europa. Morì a Cochin nel 1524; i suoi resti furono rimpatriati in Portogallo in più fasi e furono infine deposti ai Jerónimos nel 1898 per celebrare il 400° anniversario del viaggio. A destra, in una tomba gemella installata nello stesso periodo, giace Luís Vaz de Camões — il poeta de Os Lusíadas (1572), l'epopea nazionale che trasformò il viaggio di Vasco da Gama in una narrazione omerica. Camões stesso non navigò mai verso l'India in alcuna veste documentata, sebbene trascorse anni a Macao e in Africa orientale e perse un occhio combattendo in Marocco.
Oltre alle tombe del portico, la chiesa ospita le tombe reali della dinastia Avis-Beja nel presbiterio e nei transetti: Manuele I (il fondatore), sua moglie Maria d'Aragona, Sebastiano I e il re-cardinale Enrico. La tomba di Manuele I si trova in una nicchia di granito a destra dell'altare maggiore. La linea Avis-Beja si estinse con la morte del re-cardinale Enrico nel 1580, dopo di che il Portogallo entrò in un'unione personale di 60 anni con la Spagna asburgica — un periodo durante il quale i Jerónimos continuarono a funzionare come monastero attivo.
Fernando Pessoa — il poeta portoghese del Novecento più tradotto al mondo — fu sepolto nel chiostro inferiore del Mosteiro dos Jerónimos nel 1985, cinquant'anni dopo la sua morte, in riconoscimento del suo status di gigante letterario modernista del paese. La sua tomba, opera dello scultore Lagoa Henriques, si trova nell'ala nord del chiostro inferiore ed è uno dei luoghi più visitati del complesso. Le tombe reali di Manuel I e della dinastia Avis-Beja, situate nel presbiterio della chiesa, sono visibili dalla navata centrale ma non possono essere avvicinate; i visitatori si fermano alla balaustra del presbiterio. Le tombe di Vasco da Gama e Camões, nel portico della chiesa, sono le uniche accanto alle quali ci si può fermare direttamente. La loro ricollocazione ottocentesca sotto baldacchini neomanuelini gemelli fu un deliberato atto di mitologia nazionale voluto dallo Stato della tarda monarchia.