Deux des tombeaux les plus importants de l’histoire portugaise se trouvent dans le porche de l’église, de part et d’autre de l’entrée ouest. À gauche repose Vasco de Gama, le navigateur dont le voyage de 1497-1499 vers l’Inde a ouvert la route maritime de l’Europe vers l’Asie et a fait du Portugal, brièvement, la couronne la plus riche d’Europe. Il est mort à Cochin en 1524 ; ses restes ont été rapatriés au Portugal par étapes et ont finalement été déposés aux Jerónimos en 1898 pour marquer le 400e anniversaire du voyage. À droite, dans un tombeau assorti installé à la même époque, repose Luís Vaz de Camões — le poète des Lusiades (1572), l’épopée nationale qui a transformé le voyage de Vasco de Gama en récit homérique. Camões lui-même n’a jamais navigué vers l’Inde de manière documentée, bien qu’il ait passé des années à Macao et en Afrique de l’Est et ait perdu un œil en combattant au Maroc.
Au-delà des tombeaux du porche, l’église abrite les tombes royales de la dynastie Avis-Beja dans le chœur et les transepts : Manuel Ier (le fondateur), son épouse Marie d’Aragon, Sébastien Ier et le roi-cardinal Henri. Le tombeau de Manuel Ier se trouve dans une niche en granit à droite du maître-autel. La lignée Avis-Beja s’est éteinte avec la mort du roi-cardinal Henri en 1580, après quoi le Portugal est entré dans une union personnelle de 60 ans avec l’Espagne des Habsbourg — une période durant laquelle les Jerónimos ont continué à fonctionner comme un monastère actif.
Fernando Pessoa — le poète portugais du XXe siècle le plus traduit au monde — a été réinhumé dans le cloître inférieur du Mosteiro dos Jerónimos en 1985, cinquante ans après sa mort, en reconnaissance de son statut de géant moderniste de la littérature nationale. Son tombeau, conçu par le sculpteur Lagoa Henriques, se trouve dans l'aile nord du cloître inférieur et est l'un des lieux les plus visités de l'ensemble. Les tombeaux royaux de Manuel Ier et de la dynastie Avis-Beja, dans le chœur de l'église, sont visibles depuis la nef centrale mais ne peuvent être approchés de près ; les visiteurs s'arrêtent à la grille du chœur. Les tombeaux de Vasco de Gama et de Camões, dans le porche de l'église, sont les seuls que l'on puisse approcher directement. La réinstallation de ces deux tombeaux au XIXe siècle sous des dais néo-manuélins assortis fut un geste délibéré de mythification nationale de la part de l'État de la fin de la monarchie.