Manuel burayı iki nedenden ötürü seçti. Birincisi, Vasco da Gama'nın mürettebatının Temmuz 1497'de Hindistan'a yelken açmadan önceki gece, İsa Tarikatı'na ait küçük Ermida do Restelo şapelinde dua etmiş olmasıydı. Yeni manastır, seferin güvenle dönüşüne bir şükran ifadesi ve Portekiz'in Avrupa'nın Doğu'ya açılan kapısı olarak yeni rolünün bir nişanesi olarak tasarlandı. İkincisi, 1500 yılında Belém, Portekiz'in keşif gemilerinin gerçekten kalktığı ve geri döndüğü çalışan bir nehir kıyısıydı. Manastırı buraya inşa etmek, onu her seferin rotası üzerine yerleştirdi. Afrika ve Asya'dan eve dönen mürettebat, onu nehirden görürdü. Yeni seferlere çıkan mürettebat, Tagus'un kum setini geçmeden önce orada dua ederdi. Manastır ve Kule, baharat ticaretinin pratik altyapısından ayrılmaz iki unsurdu.
Bina büyük ölçüde tamamlandığında, 1580'lerde, baharat ticareti Lizbon'dan kaymaya başlamıştı bile — önce İspanyol Sevilla'ya, sonra Hollandalı Amsterdam'a ve İngiliz Londra'sına. Manastır, 1833'e kadar faal bir dinî kurum olarak varlığını sürdürdü; o yıl liberal reformlar Portekiz manastırlarını feshetti ve Jerónimos'u sivil mülkiyete devretti. 1755 Lizbon depremi şehir merkezinin büyük bölümünü yok etti ancak Belém'i korudu — manastır, 1755 öncesinden kalma, özgün haliyle ayakta kalan birkaç büyük yapıdan biridir. 19. ve 20. yüzyıllardaki restorasyon çalışmaları batı kanadını (bugünkü Denizcilik Müzesi) ekledi; ancak revak, kilise ve yemekhane büyük ölçüde I. Manuel'in ustalarının bıraktığı gibi kaldı.
Mosteiro dos Jerónimos ve Belém Kulesi, birbirini tamamlayan bir anıt ikilisi olarak inşa edildi; manastır, Coğrafi Keşifler'in manevi yüzü, kule ise askeri ve törensel yüzüydü. İkisi de nehir kıyısında, birbirini gören bir konumda yükselir; ikisi de aynı Manuelin görsel dilini kullanır; ikisi de aynı baharat ticareti gelirleriyle finanse edildi. Birlikte, Tagus Nehri üzerinden yapılan her seferin kalkışını ve dönüşünü çerçevelediler. Avrupa tarihinin en yıkıcı depremlerinden biri olan ve Lizbon'un merkezinde on binlerce kişinin ölümüne yol açan, Tagus'a kadar ulaşan bir tsunamiyi tetikleyen 1755 depremi, Belém'i nispeten hasarsız bıraktı; çünkü bu semt, şehir merkezinin alüvyonlu ovasından daha sağlam bir ana kaya üzerine kuruluydu. Bu jeolojik tesadüf, 1755 öncesi Lizbon'un büyük bölümü ayakta kalamamışken, bu iki anıtın özgün Manuelin formunda günümüze ulaşmasının başlıca nedenidir.